El script de gatillo sólo funciona si la variable que has puesto tiene el valor que también has puesto. Es decir, si en la configuración del script pones la variable 0x7FFF y el valor 0x1, entonces el script sólo se ejecutará si la variable 0x7FFF tiene el valor 0x1, en el momento que tenga otro valor, no funcionará. Con lo cual, cambiar el valor de la variable asignada al script, es el método de desactivarla.
EDITO: Y si no me equivoco, la pokedex nacional se activa con un special, no con una variable.