1) Abres el NSE
2) Abres en él, la ROM.
3) Vas al Minisprite que quieras modificar
4) File > Import > Import Image
5) Load y eliges tu Minisprite
6) Marcas "All" en el selector, clickeas en "Save" y luego en "Close"
7) File > Insert > "Save Image To" y "Save Palette To" y en ambos casos marcas "Compress Lz77 Data" y pones un offset libre.
8) File > Save
Si me equivoco, ya vendrá alguien a corregirme xD