Si hablas de encriptación, no se puede encriptar, no a menos que quieras que alguien la juegue.
Para hacerlo tendrías que modificar el emulador y para eso mejor usas rpg maker u otro motor.
LA opción que tienes son los proyectos de decompilación y, aquí ya es teorizar mucho, hacer suficientes cambios como para que todo quede en otro sitio y para extraer cualquier cosa haga falta bastante trabajo.
Hay una manera simple de hacer que una rom no se pueda abrir con algunas herramientas convencionales, no sería encriptar, pero se acerca a lo que pedís. Hay una herramienta de hackmew, no recuerdo el nombre ahora, pero lo que hace es cambiar el header (codigo) del juego. Se consigue el mismo resultado haciendolo por hex.
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