Bueno, no soy de los que más saben, sino de los que más llevan, más bien tengo muchas experiencias que contar xD Lo cierto es que no sé cómo se borra esa sombra, pero te diré una cosa, no intentes tapar errores.
Puede que sólo haya uno, que la sombra se desplace, pero si has llegado a sobreescribir más cosas, podrías haberte cargado más partes del rom, y lo digo porque llegué a trabajar con un rom en Emerald y, por culpa de la sobreescritura no deseada, se me buggearon las evoluciones (los Pokémon evolucionaban antes de lo normal y cuando ocurría, no llegaban a completar la evolución: se trababa el juego).
Ya sabía que la música andaba de pena (error antiguo del A-Map) y que tenía que usar los offsets más "distanciados" (los últimos que vienen en un rom sin expandir), aún así seguí, siempre me costaba continuar porque encontraba numerosos fallos y, cuando completé el rom más allá del primer gimnasio (con el segundo en desarrollo), ese bug me impidió seguir.