Es fácil modificar la ini de Gen 3 Tools, solo debes ir
a la carpeta del Gen 3 Tools y luego ir a Roms Data,
hay están todas las ini en códigos por cada versión de la rom.
Cuando selecciones la ini de la versión que usas ve a donde dice
En NumberOfPokemon te aparesera 411 y tu le pondrás 1459 o la cantidad de pokemons que tengas, te recomiendo no poner mas de 1460.
Si te resulta complicado usa este Gen 3 Tools
[CSS-DIV="Gen 3 Tools"]Gen 3 Tools [/CSS-DIV]
Ya tiene las ini modificadas por mi . Espero haberte ayudado.