o poder controlar un pokemon en algún mini juego
Si te refieres a que el minisprite del POKéMON te siga a todos lados es algo un tanto complejo, creo incluso que no está en este foro.
Si te refieres a que el minisprite del prota sea un protagonista, debes sustituir el overworld del prota por el que deseas, pero esto incluye los layers que gráficamente expresan sus movimientos, como caminar, correr, andar en bici, saltar, los sprites dentro de cuadros de dialogo como el intro, etc.
Yo sustituí el de FR por el de Ruby, con overworld editor, sencillamente exporté todos los BMP del que deseaba y luego los sustituí en FR por el original, al hacer la primera sustitución debes checkar "Importar paleta" para que los colores se sincronicen. Pero no obstante debes hacer esto con el resto de los minis del prota en los que hace diversas acciones.
Espero que te sea de ayuda si esa es tu duda. Saludos.
PD: No se como se haría eso por rutina, ya que generalmente lo usan con WBT en algún script después de un evento determinado en el que en la historia el prota cambia su ropa.