No entendí muy bien lo que quieres hacer, pero por lo que entendí, quieres hacer que un camino tenga "X" paleta y un árbol "Y" paleta y hacer que en un/os bloque/s diferente/s el camino de la paleta "X" cambie a la paleta "Y", ¿verdad?.
Bueno, si es posible. Basta con ingeniarselas un poco y calcular las posiciones de los colores.
Um... Como te lo explico,,,
Sería cosa de que a la hora de colorear el tile de camino, te fijases en la paleta del árbol y en la posicion de los colores. Luego, lo que tendrías que hacer sería ajustar los colores de la paleta de camino, de modo que sean equivalentes a la paleta de árbol (Por ejemplo, si el color N°3 de la paleta del camino es un tono café, y quiero que al cambiar la paleta sea del verde que es el color N°7 de la paleta del árbol, ajusto el color N°3 de la paleta del tile de camino, de modo que quede en la posición N°7).
Luego, sería cosa de buscar una paleta sin utilizar e insertar tu tile en el Tileset Secundario y luego importar y guardar la paleta del tile de camino.
Luego, para crear los bloques del camino con las paletas del árbol, simplemente vas a la Paleta N°1, que si mal no recuerdo, es la de naturaleza, y creas nuevos bloques de camino usando dicha paleta.
Todo esto lo hablo pensando en que trabajas en FR. En Ruby o en Emerald no tengo idea.
Espero que fuese a eso a lo que te referías.