Alguna imagen o una mejor explicación no vendría mal, para saber cual es exactamente el problema, porque así la verdad es que es dificil saberlo ^^'
La primera ocurrencia que tengo es que el tile que intentas insertar no tenga los colores de la paleta, y por eso se vea negro. Recolorealo de nuevo con los colores de la paleta, porque hay aveces que al copiar y pegar un tile en el tileset, los colores cambian ligeramente sin casi notarse, pero el color no es el mismo, por lo tanto al insertarlo se ve negro
Si no es eso, intenta subir una imagen, por favor