yo tampoco, abeces es algo estorvador, porque en ocaciones no sirve de mucho esa intro.
yo varias veces la intenté quitar mediante HEX.
una vez lo logré
pero me salian "bugs"
sinceramente no me acuerdo como (puesto que perdí la documentación).
tocará volver a imbestigar
Bueno, acá encontré un editor de intros, no lo probé, pero no creo que te sea muy útil con lo que querés lograr.
Link:http://whackahack.com/foro/t-30984/fr-gba-intro-manager
Talves te ayude a cambiar aspectos de las intros, pero lo más probable es que sólo puedas personalizar las palabras y los Pokémon de Oak, y ese tipo de cosas.
Espero te sirva.