Por lo que tengo entendido no se puede agregar Pokémon insertados a los entrenadores (Solo desde Bulbasaur hasta Chimecho) las herramientas no reconocen los Pokémon nuevos...
Creo que editando la .Ini de la herramienta (Ya sea PET o Advance Trainer) puedes hacer que la herramienta reconozca los Pokémon insertados, eso creo.
Si no, simplemente hazlo manual:
Copia el offset del entrenador que te da PET o Advance Trainer, y abre el HxD y editas el offset del entrenador manualmente, eso es lo que yo hago, y funciona.