Por lo que parece debes abrir el ejecutable de Advance Map con un editor hexadecimal, ir al offset D027C y cambiar el valor en el que te deja por la cantidad de Pokémon que tienes en tu ROM.
No deberia necesitar mencionarlo, pero haz un backup del .exe por si las moscas. La solución la posteó Syrex en PokeCommunity.
Hago un bump de este tema para contar como siguió el asunto.
Mediante mensajes de visitante seguimos charlando y encontré esta otra solución, la probé personalmente con la ROM que jrlopes me pasó y dejando de lado estas entradas extrañas tras los "?????????", funcionó.
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