Yo he vivido ese problema y me pasé a usar Gen III Suit que auto detecta la paleta de colores además de que puedes insetar los cuatro sprites principales (frente, back y los shiny) además de los second frames (movimiento al entrar en batalla) y incluso el mini-sprite de la pantalla de equipo. No obstante yo que no tengo mucha idea de sprites también tengo ese mismo problemas. Aún así espero haber sido de ayuda.