¿Cómo hago si quiero poner el mismo entrenador en 2 lugares diferentes con niveles diferentes?
Tendrás que crear dos entrenadores diferentes en la herramienta que utilices para editar los entrenadores, es decir, lo que es el sprite sería el mismo, lo único que cambias son los Pokémon que tiene. El mejor ejemplo de esto es el rival:
Si te fijas hay un montón de trainers para el rival, porque sus Pokémon van cambiando a medida que avanzamos en la historia y estos también son diferentes según el inicial que elijamos, por lo tanto lo que se hace es crear varios entrenadores.
Si abres un editor de entrenadores lo podrás ver mejor, pero básicamente es eso.