A ver, es el sistema de megaevolución en combate (ese en el que presionas start)?
Si es así, lo que sigue es añadir los megas, estos deben estar en nuevos espacios de tu Pokédex (no necesariamente deben estar visibles) bien puedes darle a Expandir en G3HS (no me voy a poner a explicar todo el proceso), añade sus stats y características (el HP, la experiencia, su rapidez de crecimiento (o como se llame), y no estoy seguro si los movimientos también; deben estar iguales al Pokémon a megaevolucionar).
El siguiente paso es lo más importante para hacer que megaevolucione, en la herramienta que utilices para modificar los pokes (en mi caso G3HS) al Pokémon que va a megaevolucionar le pones una nueva condición de evolución, esta debe ser megaevolution (creo que el sistema coloca esta en el parámetro FE) y le pones el objeto que necesite para megaevolucionar (o megapiedra pues), y su megaevolución.
Ahora, en la megaevolución (el Pokémon que creaste y modificaste) también vas a poner una condición de evolución, esta igualmente será megaevolution, pero en el objeto lo debes dejar vacío (o con los ????) Y el Pokémon del que va a mega evolucionar (es decir, si es M-venusaur pones a venusaur). OJO, SI NO HACES ESTO EL POKÉMON NO REGRESARÁ A SU FORMA NORMAL.
y no sé qué más agregar, pues no recuerdo qué variables eran las que se deben modificar para que sea el objeto que ayuda a megaevolucionar, como el megaaro, creo que eran las 40FF (para player) y 40FE (para los enemigos), estas debe ser puesta con el número en HEX del objeto en cuestión.
Espero te sirva y me entiendas :v