Imagino que te refieres a cómo se ve el Ow en pantalla. Yo cuando personalicé el mío, lo hice utilizando el OW Editor con la imagen de Groudon y lo que hice fue abrir 2 veces el programa con la rom original y la de mi hack y guiarme cuadradito a cuadradito con el del personaje original. Así lo harás con una altura adecuada y en consonancia.
Para la parte de atrás es igual pero con 180 grados. Y los demás pues los vas añadiendo poco a poco fijándote en el original y en los que ya has hecho.
Lo que comentas me imagino que es por cierta descoordinación en el diseño. Date cuenta que con qur haya uno o dos cuadraditos de los que aparecen en OW editor que no coincida con el del lado contrario o con los de carrera, ya se va a ver extraño. Revisa los cuadraditos asegurándote que están bien coordinados y realiza pequeñas modificaciones hasta que encuentres la que mejor queda.
Si te sirve de consuelo yo dediqué 2 semanas a ir haciendo los OW de mi prota, uno por uno, bici y demás.
Igual hay mejores métodos pero yo lo hice así