Añadi tu forma regional como una especie individual en tu ROM. Esa es la forma más sencilla de manejarlo.
Opcionalmente tambien podés editar la función de codigo que imprime la ID en la Pokédex en la pantalla de datos Pokémon, y así hacer que imprima la ID de la forma base, pero considerando que ahi ya tenés que lidiar con ASM, eso ya no es tan sencillo de hacer, al menos no en binario.
Para lo que vale, los decomps la llaman
BufferMonInfo
y está en el offset 0x1360D4 en Pokémon FireRed.
Este seria el trozo a cambiar. Imagino que podrias usar HexManiacAdvance y su lector de codigo Thumb para leer la función en ASM.