De hecho, lo que paso es que (si cambias algo del mapa donde esta el protagonista) el cambio no se refleja hasta que cambies de mapa con tu personaje
¡Bingo! Mira, voy a dejar una breve explicación sobre eso.
El juego carga en la RAM los datos del mapa en que te encuentras (npcs, bloques, paletas, scripts, todo). Cuando guardas la partida (menú->guardar) lo que haces es generar un archivo .sav que contiene parte de los datos en la memoria RAM, tales como el equipo pokémon, las flags, las variables y su valor y, lo que es más importante para nosotros, los datos del mapa en que te encuentras.
Entonces, al cargar partida, el mapa no se carga desde los datos en la memoria ROM, sino desde los que había en la RAM cuando guardaste. Para ver los cambios que hiciste en la ROM con el editor de mapas, debes volver a cargar el mapa (entrar y salir, por ejemplo).
Consejo: No guardes partida en el mapa que quieres modificar; o bien recuerda esto para no pensar que es algún tipo de error.