Tu abres la ROM con el XSE y compilas tu script, te dará un offset, pues ese offset lo compiertes en pointer y en HxD buscar el pointer viejo y pones el tuyo nuevo. Es decir.
Imagina que al compilar el offset es 08 80 00 00 (el 08 el porque es memoria ROM)
08 80 00 00 => Convertir en pointer => 00 00 80 08
Ahora vas al HxD y abres la ROM, buscas con Control + V el offset del script original convertido en pointer, y escribes el tuyo propio.
Si no se entiende pregunta