Claro, esa seria la manera correcta de corregirlo, al abrir por primera vez el anim editor con tu rom, tienes que insertar la rutina que permite cargar las animaciones de todos los tileset, pero no sé por que dices que parece que no carga el rom.
Por otro lado, puedes arreglarlo también cambiando de lugar en los bloques que tienen animaciones, es una solución un tanto cutre, pero bueeh.... xDD!