Todavía no entiendo por qué le pones valor 1 y luego se lo restas ._.
Pero no veo el problema, si está bien configurado en A-Map y no tiene nada más que pueda causar problemas, el script yo lo veo bien.
Vale, lo que tienes que hacer es entrar a CMP y abrir los tiles viejos pero que quieres que tengan la misma paleta. Le das a archivo > nuevo y marcas la casilla de conservar paleta. Se abrira una pestaña nueva. Abre con paint el tile nuevo, lo copias y lo pegas en cmp. Asi tendra la misma paleta que los otros tiles. Se modificara un poco el nuevo tile, lo retocas un poco y listo, ya lo puedes insertar.
Si tienes dudas me avisas
Asegurate de que la paleta esta a 15 colores + transparente. Si quieres poner cosas nuevas a una paleta, CMP te permite hacerlo. Te escribiria mas pero estoy con el movil/celular. Con el PC te sigo escribiendo luego
Sobre los espacios negros, ni idea.
Sobre los tiles, usa todos los que puedas en una misma paleta. Te recomiendo poner todo lo verde junto, todo lo azul junto y asi todo el rato