Por lo que hace a libpng, pues editar el Makefile y cambiar png16 por png12 en los dos sitios que lo pone. Por lo que hace a minizip, está como submódulo en el repositorio. "git submodule init && git submodule update". Luego, compilarlo no debería ser tan complicado como es. Sigh.
$ rm -f Makefile
$ autoreconf -i
$ autoconf
$ automake --add-missing
$ automake
$ ./configure --prefix=/usr
$ make
# make install
PD: La fragmentación entre distribuciones se acaba de hacer tangible.