Cuando ya tienes claro los pokémon que quieres poner en esa ruta, lo único que hay que hacer es pulsar en Guardar actual, cerrar esa ventana, y Guardar ROM con otro nombre distinto. Lo dejas que cree la nueva ROM, y no cierres ni toques nada hasta que no termine (dependiendo de lo potente que sea tu PC, tardará más o tardará menos). Cuando abajo a la derecha de la ventana principal de SDSME aparezca la palabra Listo, ya podrás cerrar y comprobar que funciona.