Respuesta: Problema con Warps
Pues mira, no es la primera vez que escucho problemas por eliminar y agregar npcs en un mapa. Es probable que A-Map esté repunteando mal y sobreescriba alguna cosa importante por lo que se reinicia el juego al entrar al mapa; prueba volver a hacerlo en una copia de seguridad (si tienes) o en una ROM virgen si estás recién empezando.
La verdad es que no le encuentro mucha más explicación siempre y cuando sea sólo eso lo que hayas tocado, ¿has hecho algún otro cambio que podría provocar el error?