Es un error que sucede en una versión anterior de Essentials (no recuerdo cual).
Para poder solucionarlo, primero hay que ver que es lo que falla, si es solo el Sprite que no cambia o incluso los stats, tipos, movimientos, etc de la especie siguen siendo de la versión Mega o han regresado a ser los originales.
Honestamente no recuerdo ahora mismo como solucionarlo, ya que era algo que se había hecho ya hace tiempo, pero se tenía que modificar la información de lo sucede al finalizar la batalla.