Así, a primera vista es imposible ver el error, aunque tengo algunas ideas... El color que usas de fondo no es exactamente el mismo que el que usa ese tileset por defecto, o bien, no mappeas bien usando las capas.
El transparente debes poner de fondo el color que quieras, sólo que no sea igual a los que tiene el tileset, usa un color chillón para ello. Después cuando insertes el tileset RPG Maker te pedirá el color transparente, lo seleccionas y listo.
No me contactes usando MSN anda, no me llegará. Si necesitas algo muy especifico dímelo por mi perfil o usa el tema si es algo que está relacionado con la duda anterior.