Supongo que te referirás a no dejar pasar al jugador hasta que consiga el Pokémon inicial o algo así. Para eso, debes hacer uso de las flags (capítulo 5 del nivel fácil).
En el script donde te entreguen al Pokémon haces un setflag 0x200 (por poner un ejemplo). Después, al minisprite que te tiene que estar bloqueando el paso hasta conseguir dicho Pokémon le asignas esa flag en el Advance Map y desaparecerá una vez recibas el Pokémon.
Un saludo!