El gráfico del textbox está ubicado en: Graphics/Pictures/Windowskins. Si hablamos de Essentials (Yo uso la V.15) el archivo que debes editar/sustituir es "choice 1".
Saludetes!
EDITO: No es necesario que hagas la transparencia con ningun programa, simplemente deja el fondo de un mismo color y el mismo RPG Maker te permite elegir la transparencia, y el translucido también.