Hmm... No se xD... Es muy raro. Creo que el problema está en poner la setflag en el mismo script. Podrías probar a hacer un script de nivel en la ruta de al lado o en las casas, añadiendo esa setflag, de manera que, mediante variables, cuando se ejecute el script de Deoxys, al entrar a una casa/ir a la siguiente ruta y despues volver al pueblo, el mini desapareza. Pero que antes de que se ejecute el script de Deoxys no se haga el setflag
No tengo mucha experiencia en flags, como he dicho, así que quizás es muy rebuscado? Lo mejor será que te ayude otro con más experiencia a partir de ahora ^^', aunque puedes probar lo que te he dicho, a lo mejor te va, quien sabe...
Edito: Hay algunas cosas mal en tu script, por ejemplo el applymovement 0x200. Eso debería ser applymovement 0x3, ya que es el tercer mini del mapa, no el nº200 xD. Otra cosa es, que el mini de Deoxys no debe tener nada en Script Offset. Eso es para el script de gatillo tan solo. Ah, y tambien prueba a poner un hidesprite 0x3, para que desaparezca. Antes no lo he dicho porque con los items no lo ponen, pero quizás estaba equivocado. Despues de esto, ya no crea que sea más de ayuda, así que suerte xD