No.
Segun los ROM Hackers de PokeCommunity, el codigo de Pokémon Ruby es un desastre, muy desordenado y no es comodo trabajar con él, o algo muy parecido me pareció haber leido hace algunos años.
Ya vendrá alguien a corregirme en caso de que me esté equivocando.
El resumen es ese: El sistema de Mega Evolución, al menos por ahora, solo se encuentra en FireRed y Emerald.