La diferencia entre nosotros y gamefreak, es que gamefreak programó los juegos. Ellos tienen un código fuente mientras que nosotros tenemos un montón de números.
Fire red 1.1 es sólo una versión de fr con bugs corregidos, y termina siendo casi igual a fr 1.0. La cosa es que al estar compilada desde el código fuente todos los datos están en distintos lugares que en fr 1.0, por eso es que ninguna herramienta de 1.0 te va a servir (a no ser que las adaptes, ovbiamente...).
Hackeamos fr 1.0 porque los rom hackers empezaron con ésta y nunca se pasaron.
En cuanto a la base, lo mejor sería fr o emerald. A mi me gusta un poco más emerald, pero es casi lo mismo. Las dos tienen un montón de recursos y herramientas que podés usar para facilitarte la vida.