Por lo que dices, seguramente no hayas configurado el comportamiento-byte del bloque. Mira, aunque pongas el warp y lo configures correctamente, no se ejecutará si el bloque sobre el que está no tiene un comportamiento de warp.
Para configurar eso, ve al mapa en cuestión y abre el editor de bloques (la pieza de puzle morada). Luego selecciona el bloque sobre el que quieres poner el warp y asegúrate de que el comportamiento-byte está bien configurado. Lo mejor es que cojas un rom original y veas qué comportamiento tienen puesto para que lo entiendas mejor.
Eso sí, en el caso de las cuevas, por ejemplo, el warp se pone sobre un bloque normal de suelo (que se pone delante de la salida). Por ello, tienes que tener dos bloques iguales, pero uno para el suelo y el otro configurado como warp.
Si no te ha quedado claro te paso un tutorial donde explico detalladamente el tema de los warps.