Normalmente para que Advance Map v1.95 se dé cuenta de que expandiste la cantidad de Pokémon en tu ROM, debes modificar el archivo ejecutable de la herramienta con un editor hexadecimal.. es raro que te los haya leido a la primera.
El procedimiento es simple:
1) Haz una copia de seguridad del ejecutable de tu Advance Map v1.95.
2) Abre el que prefieras con un editor hexadecimal (
el ejecutable original o la copia)
3) Vé al offset 0x77DD5 y reemplaza "9B 01" (
411 en Hexadecimal y convertido en Pointer) por la cantidad de Pokémon en tu ROM (
contando el Bad Egg y las formas Unown).
Fuente.