No es para nada sencillo de hacer. Primero debes entender que el reloj interno de RSE está bugueado y tiene problemas para calcular el tiempo al pasar un año. Y si aún así quieres seguir pues lo que debes hacer es adaptar la rutina de día/noche de primedialga para que funcione con el reloj interno.
Tambien puedes probar Pokeruby y ver si usando el proyecto puedes adaptar ese sistema al juego, mas en ambos casos el proceso no es sencillo y requerirá demasiado conocimiento