Empieza por encontrar tu lugar en el mundo ver si quieres hacer tu juego en forma de hack, o de RPG (según lo que quieras crear, uno será más recomendable que otro).
Un hack consiste en modificar un juego de pokémon que usas como base para crear el tuyo (Puede ser de base GB/C, GBA, y NDS). Tiene algunas limitaciones y es algo complicado, pero los resultados son satisfactorios a la larga.
Un RPG es un programa desde el cual puedes crear tu propio juego de pokémon, mediante una "base" que intenta parecerse a un juego oficial. Es más sencillo, pero no tiene tantas limitaciones. Con un poco de imaginación (y conocimientos informáticos) puedes hacer cualquier cosa.
En ambos puedes hacer grandes cosas, pero la decisión es tuya. Te recomiendo por ver resultados de algunos hacks, y de algunos RPG's, y así decidas por tí mismo qué te gusta más.
Espero haberte ayudado.. Saludos~