Eso es relativamente sencillo. El único "inconveniente" es que tienes que aprender a hacer scripts. Luego, cuando sepas hacer scripts (nada grande, sólo necesitas lo básico) utilizas el comando givepokemon para obtener un sólo pokémon.
Si quieres aprender a hacer scripts, te recomiendo que leas el tutorial de iniciación de Rey boo, el cual lo puedes encontrar en "tutoriales", en la primera o la segunda página ;D