Cómo dijo el usuario de arriba, puedes usar NSE, pero también puedes usar otras como Character Maker Pro o NSL, hasta Paint o Photoshop puede servir siempre y cuando cuente con la regla de 16 colores (transferencia incluida).
Las herramientas supongo deben estar aquí en el foro, ya solo sería cuestión de orientarse un poco para aprender como modificar los sprites.