Eso puede haber sucedido por varios motivos, esceder el número de minisprites, que en GBA son 256, que hayas puesto los minis cerca del cambio de mapa, lo que hace que se tengan que refrescar, ya que tienen diferentes paletas, comprueba también que no compartan el people ID. Una cosa que es muy común es "fastidiar" la rom, me explico, si redimensionas varios mapas hay posibilidades de que haya errores en la rom, y uno de los más comunes es ese, minis que aparecen y desaparece (hay otros como por ejemplo que después de un evento controles a otro mini) dando igual donde estén, a mi me pasaba y si no me equivoco una vez pasa no tiene solución.