Trataré de explicártelo de forma sencilla y coloquial, lo que tú colocas en los mapas no son tiles, sino bloques (sí, esos cuadraditos del Advance Map). Esos bloques no son más que cuadros de 16x16 píxeles donde colocas "pedazos" de los tiles de tu tileset y el fondo sobre el que quieres que estén. Claro, ¿qué es lo que sucede? Que como los bloques contienen algunos de esos pedacitos, cuando cambias cualquier gráfico del tileset, todos los bloques que contengan algún gráfico modificado también cambiarán. Por eso, cuando cambias cualquier tile, todos los gráficos de los otros mapas se echan a perder.
Mírate este tutorial si quieres entender un poco mejor el tema de los bloques, está en inglés, pero creo que más o menos se entiende:
>>accede aquí<< De todos modos, si sigues teniendo problemas o no consigues entender mi explicación, podemos continuarla de forma más directa.
Suerte.