El mensaje que te aparece tal vez se deba a que el ROM original es de 16MB y cuando parcheas el ROM su tamaño se incrementa a 33MB más o menos, como se incrementa el tamaño el programa debe pensar que el ROM no es compatible con el parche.
Para solucionarlo o lograr que aplique el parche a la ROM tienes que cambiar de opción en la sección de If file isinvalid, debajo de esa frase tienes varias opciones, la opción Abort está marcada por defecto y es por esto que al aplicar el parche te aparece ese mensaje, ahora para que se aplique el parche tienes que elegir cualquiera de las opciones restantes, ya sea Ask, Notify e Ignore, presionar Patch, te aparecerá un mensaje previo, presiona Aceptar, luego de un momento aparecerá otro mensaje que te dirá que el parche ha sido aplicado y presionas Aceptar, con todo esto realizado ya podrás disfrutar del Hack.