En:
https://whackahack.com/foro/t-24917/juego-se-reinicia
Hay tres formas diferentes de solucionar tu problema.
Opción A
No te queda más que ir experimentando:
Elimina scripts de gatillo.
Borra todos los minis (menos si usas Advance Map 1.95; en tal caso, borra aquellos minis cercanos a la zona donde ocurre el "reseteo").
Elimina los scripts de nivel del mapa (los que vienen por defecto)
Opción B
La segunda forma es coger una copia de seguridad del rom, pero se puede dar el caso de que no la tengas.
Opción C
Seguir el tutorial de cosarara que, con todos mis respetos, no entiendo ni yo.
https://whackahack.com/foro/t-16901/gba-otros-arreglando-rom-cosarara97