Primero que todo, al que creó el tema, decirle que ponga un título más adecuado al tema XD
Por otra parte: en FR las paletas de la 0 a la 6 son del tileset primario, y las del 7 a la 12, son del secundario, y son completamente editables.
@Serrano se me adelantó XD
Puede que tengas varios problemas, aquí algunos:
1) cuando importas una paleta al AM, puede que tenga colores repetidos, si pasa esto, el AM no te dejará exportar el tileset.
2) no estás seleccionando la paleta específica; es decir, siempre exportas el tileset con la mísma.
3) Cuando cargas tu paleta al AM, no elijes el formato de la mísma.
4) recuerda que para que el cambio sea apreciable, tienes que darle al Write pallete changes to ROM.
no se me ocurre nada más en lo que estés fallando