Pues primeramente hola, Si un sprite es de 64x64 en gba y tiene que tener un máximo de 15 colores + el de fondo que debe estar siempre en la primera casilla para indexarlo puedes usar Character Maker Pro (Te la recomiendo) cualquier otra duda házmela saber, espero haberte ayudado @Machine
Hola, la imágen que has de tener tiene que ser de medida 64x64 y para sprites 16x48.
Facilmente puedes ir a Photoshop e indexarlo a 16 colores. Abrirlo en Character Maker Pro y poner el color de transparencia de primera. De esa forma lo guardas y lo insertas en el juego indexada.