A mi parecer no sabes usar la herramienta puesto que parece que has guardado la paleta, la cual, obviamente corresponde con el sprite que estás insertando; pero no has guardado el sprite. Para ello una vez cargado el sprites con sus colores correcto debes ir a File y luego a Save o presionar Ctrl+S.
Ahora si lo que intentas decir es que al cargar el sprite te aparece con otros colores en el NSE, como se ve en la imágen con franela verde, bolso rojo, pantalón marrón y pelo gris verdoso (en caso de que esos nom sean los colores correctos), te recomiendo que abras la imágen con un editor y verifiques que sean los colores que deseas que tengan.
Saludos!