A ver, en el editor de bloques, ¿Le has dado a write palette changes to Rom? (o algo así, no lo recuerdo muy bien xD). Pero bueno, tienes que darle para que se guarden las paletas. Supongo que ese será el problema, no obstante, si no te sirve, vuelve a postear ;D
Puede ser lo que dice Javi, o también puede que estés usando la paleta número 12, que tengo entendido que no funciona bien. Comprueba también si es eso (;