No es un problema, si usaste el parche de las mega evoluciones, tengo entendido(porque yo mismo lo probe) que megaevolucionas y listo, como una evolución normal,
lo que puedes hacer es ir a algun editor de pokemón y editar a la mega evolución colocandole, evolucionar por piedra, en el pokemon a evolucionar colocas el pokemón
sin megaevolucionar y de piedra colocas la mega piedra que usaste.
Asi antes de comenzar la pelea lo megaevolucionas con la piedra, y al terminar la pelea
le das la piedra y desmegaevoluciona.