Bueno ROM, los juegos de Rubí, Zafiro y Esmeralda, tienen un reloj interno, el cual sirve para un correcto funcionamiento de los diferentes eventos que tienen en estas versiones en función del tiempo, los cartuchos originales de estas versiones venían con una pila soldada o unida al circuito y con la ayuda de esta pila se podía guardar el tiempo transcurrido en el juego.
Ahora, qué ocurre con los ROMs, bueno, los diferentes emuladores ya sean de PC, celular u otro dispositivo que cuenten con un reloj interno, estos emuladores al momento de ejecutar estos ROMs toman la información de tiempo del reloj de estos dispositivos, gracias a esto, los eventos basados en función del tiempo pueden funcionar correctamente.
Qué ocurre con los FlashCard, bueno, en la época cuando se comercializaba la consola de GBA existía varios modelos, algunos con pila interna y otros sin ella, lo que tendrías que investigar es qué tipo de FlashCard tienes, si tienes una sin pila interna, lamentablemente los eventos del juego que funcionen con el reloj no podrán ejecutarse, pero, si afortunadamente cuentas con uno que tenga implementada una pila interna para este propósito, entonces los eventos podrán funcionar sin ningún problema.