A mi me sale mazo de veces, pero no, no afecta al juego. Pense que era problema de no poder guardar la partida, pero ese no es el problema asi que no he encontrado en que afecta.
EDITO: Buah, que ciego estoy esto no va aqui, muevo a dudas.
Si mal no recuerdo, esto se debe a el tipo de guardado del emulador.
Para solucionarlo tienes que ir a Options->Save Type-> (de seguro tienes marcada la opción de Flash 64k) marcas la opción Flash 128k, cierras el emulador y lo vuelves a abrir, y listo de seguro ya no te aparece el mensaje.
esto no se si es grave, yo a mi ROM le aplique un parche que encontre, pero cuando probaba el ROM me salia este error al inicio y al querer guardar partida no podia por ese mismo error, en resumen se jode el ROM
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