Cada mapa utiliza un tileset principal y uno secundario.
Hay un tileset principal común a todos los tiles básicos que vas a poner en tu hack, véase agua, hierba, árboles, etc por lo que si usas ese tileset en dos mapas (cosa que harás) y modificas en uno lo modificarás en otro.
En el caso del tileset secundario, (donde deberías colocar las cosas exclusivas de cada mapa) basta con hacer que cada mapa tenga uno propio y no compartan ninguno editando desde el cabezal del A-Map.