La ini es un archivo que viene en la carpeta del programa y se puede editar con el bloc de notas. En el caso de Gen 3 Tools, es un archivo ubicado en la carpeta "Roms Data", si tu rom base es Fire Red en inglés, el archivo correspondiente sería "BPRE". Para que el programa reconozca los pokémon adicionales debes cambiar el número (en decimal) que se encuentra después de "NumberOfPokemon", que por defecto es 411, al número total de pokémon (contando las formas unown, bad egg, etc). Este número lo puedes obtener del archivo "PokeRoms" que viene en la carpeta donde se encuentra Gen III Suite, pero no estará en la sección BPRE, porque el programa hace una sección para cada rom (aunque haya dos basadas en Fire Red, por ejemplo), con el propósito de ofrecer mayor compatibilidad. Lo más probable es que esté en la última sección. Si bien recuerdo, el número de pokémon en la base de los 721 pokémon + 48 megas es 923.
Una vez cambiado ese número, el programa debería reconocer los pokémon adicionales y podrías añadirlos a los entrenadores sin problemas, aunque es recomendable que también cambies el número de ataques y habilidades en la ini de programa que vayas a usar.
Por cierto, en el caso del Hopeless Trainer Editor, la ini se llama "ROMs" y tiene una división similar a la del Gen III Suite.
Espero haberme explicado bien y que te pueda servir.