Es fácil, pon un countpokemon y si el LastResult = 6 entonces que vaya a otra parte donde te dice que tu equipo está lleno. Si el número es menor que 6 pues que funcione el Script.
No sé si habrás visto la guía de Xabier2012 pero ahí muy explicitamente dice (En la sección GivePokémon):
"El funcionamiento es el siguiente: Al utilizar este comando, la variable 800D tendrá el valor igual al número de pokémons en nuestro equipo. Es decir, que si tenemos 6 la variable 800D pasará a tener el valor "6". De esta forma podemos poner una condición, si la variable 800D es igual a 6 pues no continuaremos el script por ejemplo.
Este script no funcionará si tenéis seis pokémon en vuestro equipo (Os eliminaría uno). (SE REFIERE AL DE GIVEPOKEMON)"
Entonces la solución es esa, lo de envíar al pc no lo he investigado pero creo que será con alguna rutina etc, ya que creo que en el Fire Red no está esa opción.